商标使用许可合同，双方当事人对于仲裁机构的选择应格外慎重，应当选择双方都较为方便提交仲裁的仲裁机构，避免给双方当事人带来不必要的麻烦。
例如：一家美国公司将其在中国注册的商标，许可一家中国公司使用。并在中国商标局办理了商标使用许可合同备案，双方在商标使用许可合同中约定的争议仲裁机构位于一家国际仲裁法院。双方在合作过程中，中方违约，美国公司依据合同欲终止合同的屡行。
但美国公司想单方的在中国商标局撤销商标使用许可合同备案，必须提供仲裁裁决文书。美国公司在准备申请仲裁时才发现，如果到国际仲裁法院进行仲裁，仅仲裁费、聘用律师费及交通费就超出合同中争议的数额，得不偿失，美国公司左右为难。
商标使用许可合同，约定了被许可使用商标的标识、使用商品或者服务的范围及使用的时间，如果被许可人违反合同约定，擅自改变被许可商标的标识，在商标使用许可期限终止后继续使用被许可商标，均构成侵犯被许可商标专用权的行为，商标注册人可以追究被许可人的违约责任，也可以追究侵权责任。